Que opina? One Codex, el "Google" de los genomas y otros datos genéticos de bacterias, virus y hongos - 15/08/2014 20:35:39
" One Codex es un nuevo servicio online que ofrece a profesionales de la salud, bioinformáticos y en general investigadores de instituciones médicas y científicas, un enorme catálogo de secuencias de ADN y un potente motor de búsqueda para consultar tales registros junto a varios petabytes de datos adicionales. Decenas de miles de cadenas genéticas de hongos, virus y bacterias son ofrecidas de forma gratuita en One Codex -al menos por ahora que se encuentra en versión beta-.Entender mejor el virus que causa cierta enfermedad para optimizar los diagnósticos, evaluar a fondo los estándares en ciertos alimentos y la ausencia de organismos extraños además de trabajar en la mejoría de los protocolos de bioseguridad en hospitales, hacen parte de algunas ideas que pueden ser ejecutadas con ayuda de la capacidad de One Codex quien se place, además de contar con tan enorme cantidad de datos genéticos, disponer de una tecnología de búsqueda de secuencias de ADN 3.000 veces más rápida y precisa que la ofrecida por BLAST, el software y método que usan investigadores de todo el mundo para el alineamiento de secuencias.
Por supuesto, cualquier hospital, agencia o institución de investigación también puede cargar a la plataforma las secuencias con las que dispone (en formato FASTA o FASTQ) para que One Codex se encargue de examinarlas y clasificarlas con las referencias que logra indexar. En fin, otro valioso recurso de datos genéticos tan útil como la plataforma de Google Genomics y el proyecto de Autism Speaks para el libre acceso a gigantes bases de datos de secuencias de ADN tanto de humanos como de otros organismos cuyo estudio puede influir a gran escala en la sociedad.
Enlace: One Codex
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Que opina? Google Genomics, el proyecto de Google para estudiar secuencias de ADN - 16/06/2014 7:00:03
" Hace unos días os hablamos del proyecto que Google está realizando para crear bases de datos con genomas de personas con autismo. Hoy, desde el blog de Google, hablan más sobre el tema, explicando como Autism Speaks utiliza la plataforma de Google en la nube para almacenar datos y permitir el acceso a otras personas, algo necesario cuando hablamos de 100 terabytes de datos que son importados desde allí a Google Genomics.La cantidad de información del genoma de un solo individuo es enorme, comentan en el artículo que equivale a bajarse 100 largometrajes (aunque no especifican la resolución de los mismos), indicando que 10.000 genomas necesitaría una base de datos de petabytes.
Sobre Google Genomics, proyecto más detallado en developers.google.com/genomics, comentan que se trata de una solución que permite el acceso a los datos por parte de la comunidad científica. La API de Genomics ayuda a que puedan ser consultados usando Google BigQuery (para hacer consultas de la base de datos), con el poder de computación de la solución Google Compute Engine, que permite la construcción de análisis personalizados.
Los investigadores podrán pasar menos tiempo moviendo datos de aquí para allá y más analizando datos y colaborando con sus colegas.
Google Genomics permite:
- Almacenar información de genomas.
- Procesar los datos en lotes mediante la ejecución de un análisis de componentes principales.
- Explorar los datos a través de una o varias muestras.
- Compartir los datos genómicos con otro grupo de investigación, hacerlos públicos o distribuirlos entre una comunidad limitada.
De momento están concentrados en el proyecto Autism Speaks, que dedica más de 500 millones de dólares a estudiar este problema, aunque las posibilidades en un futuro podrían ser enormes, acabándose el envío de discos duros por correo tradicional.
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Noticia, EE.UU. creó "Twitter" para impulsar "primavera cubana" - 03/04/2014 16:28:57
" Foto: AFPUn reporte de AP indica que Estados Unidos desarrolló el "ZunZuneo" o "Twitter cubano" para enviar mensajes de contenido político e inspirar manifestaciones masivas para desencadenar la "primavera cubana".
Por: Agencias
El gobierno de Estados planeó la creación de un "Twitter cubano", una red de comunicaciones diseñada para socavar el gobierno comunista de la isla, creada usando empresas de fachada constituidas en secreto y financiada a través de transacciones con bancos extranjeros, descubrió la agencia The Associated Press.
El proyecto, que duró dos años y atrajo a decenas de miles de suscriptores, trató de evadir las fuertes restricciones que el gobierno cubano ha impuesto sobre el acceso a internet a través de una primitiva plataforma de medios sociales. En primer lugar, la red se volvería popular entre los jóvenes en Cuba; luego el plan era empujarlos hacia la disidencia.
Sin embargo, sus usuarios nunca supieron que el proyecto fue creado por una agencia de Estados Unidos vinculada al Departamento de Estado, ni que los contratistas estadunidenses estaban reuniendo datos personales sobre ellos para algún día utilizarlos con propósitos políticos.
No está claro si el proyecto es legal bajo las leyes estadunidenses, que exigen autorización por escrito del Presidente y una notificación al Congreso para adelantar cualquier operación secreta. Funcionarios de la USAID, la Agencia de Estados Unidos para el Desarrollo Internacional, declinaron decir quién aprobó el programa o si la Casa Blanca conocía de su existencia.
El gobierno cubano también se abstuvo a comentar sobre el asunto.
Como mínimo, los detalles descubiertos parecen contradecir los argumentos que por mucho tiempo ha esgrimido la USAID en el sentido de que no participa en acciones encubiertas, algo que podría socavar su misión de asistencia a los pobres y vulnerables del mundo, un esfuerzo que requiere de la confianza y la cooperación de gobiernos de otros países.
La USAID y sus contratistas hicieron un esfuerzo significativo para ocultar los lazos que el proyecto tenía con Washington, según entrevistas y más de mil páginas de documentos obtenidos sobre el desarrollo de esta iniciativa.
Establecieron empresas de fachada en España y cuentas bancarias en las Islas Caimán para ocultar las transacciones financieras y trataron de contratar a altos ejecutivos de empresas privadas sin decirles que se trataba de un proyecto financiado con dinero de los contribuyentes de Estados Unidos.
"No se mencionará en lo absoluto la participación del gobierno de Estados Unidos", dice un informe de Mobile Accord, una de las empresas contratistas. "Es totalmente crucial para el éxito a largo plazo del servicio y garantizar el cumplimiento de la Misión (sic)". (Misión aparece con mayúscula en el documento original en inglés).
El proyecto, denominado "ZunZuneo", palabra relacionada con el zunzún, como se denomina en Cuba el colibrí o zumbador, debutó poco después del arresto en Cuba en 2009 del contratista estadunidense Alan Gross, quien fue condenado a prisión tras viajar repetidamente a la isla en otra misión clandestina de la USAID para ampliar el acceso a la Internet mediante el uso de tecnología avanzada, a la que sólo tenían acceso los gobiernos.
En una declaración, la USAID expresó que está "orgullosa de su trabajo en Cuba para ofrecer asistencia humanitaria básica, promover los derechos humanos y las libertades fundamentales, y ayudar a que la información fluya con más libertad al pueblo cubano", del que dijo "ha vivido bajo un régimen autoritario" durante 50 años.
La USAID dijo que su labor se hizo en concordancia con las "las leyes estadunidenses".
Pero el senador Patrick Leahy, demócrata por Vermont y presidente de la Subcomisión del Senado sobre el Departamento de Estado y Operaciones en el Extranjero, dijo que las revelaciones son preocupantes.
"Existe el riesgo de que cubanos jóvenes usasen el servicio en sus teléfonos móviles sin saber que era una actividad financiada por el gobierno de Estados Unidos", dijo. "También está la naturaleza clandestina del programa, de lo que no se informó a la Subcomisión de Asignaciones que tiene la responsabilidad de hacer supervisión. Y el hecho de que el servicio comenzó a operar poco después del arresto de Alan Gross, subcontratista de la USAID que fue enviado a Cuba a ofrecer el acceso de los ciudadanos a la Internet".
El gobierno cubano se abstuvo de comentar.
La AP obtuvo más de mil páginas de documentos acerca del desarrollo del proyecto. Verificó de manera independiente el alcance y los detalles del mismo con esos documentos, mediante bases de datos de acceso público, fuentes del gobierno y entrevistas con quienes participaron en ZunZuneo.
Este proyecto parece ser un retroceso a los tiempos de la Guerra Fría y a la lucha que por décadas han sostenido Estados Unidos y Cuba. Se hizo en un momento en el que la relación históricamente agria entre los dos países ha mejorado, al menos marginalmente, y cuando Cuba ha intentado dar pasos hacia una economía de mercado.
El proyecto de medios sociales comenzó en 2009 después que Creative Associates International, una empresa con sede en Washington, consiguió medio millón de números de teléfonos móviles. No está claro cómo los números fueron conseguidos, aunque los documentos parecen indicar que se hizo de manera ilícita a través de una fuente del interior de la empresa estatal de telefonía cubana. Los responsables de ZunZuneo usaron esos números para crear una base de suscriptores para empezar el proyecto.
Los responsables de ZunZuneo querían que la red social creciera lentamente para no ser detectada por el gobierno cubano. Al final, según documentos y entrevistas, la red reuniría una masa crítica suficiente como para que los disidentes convocaran en la red a encuentros masivos convocados con poca antelación, conocidos en inglés como "smart mobs", y que pudieran provocar manifestaciones políticas o "una renegociación del equilibrio de poder entre el estado y la sociedad".
El gobierno cubano mantiene un control férreo sobre la información y los líderes del país consideran la Internet un "potro salvaje" que "hay que domar". Los líderes de ZunZuneo planeaban sacar a Cuba "de la inercia mediante iniciativas tácticas y temporales, y lanzar un proceso de transición hacia el cambio democrático".
Durante un discurso pronunciado en 2011 en la Universidad George Washington, la entonces secretaria de Estado Hillary Clinton dijo que Estados Unidos apoya a ciudadanos en "entornos opresivos de Internet a saltarse los filtros". Al señalar el ejemplo de Túnez, el epicentro y origen de las revoluciones de la Primavera Árabe, Clinton dijo que la gente usó la tecnología para "organizar y compartir reclamos, lo que, como ya sabemos, contribuyó a alimentar un movimiento que provocó cambios revolucionarios".
Suzanne Hall, funcionaria del Departamento de Estado que trabajaba en el programa de redes sociales impulsado por Clinton, participó en reuniones sobre ZunZuneo y encabezó un intento de conseguir que el fundador de Twitter, Jack Dorsey, se hiciera cargo del proyecto. Dorsey declinó comentar al respecto.
Los 1.6 millones de dólares que se calcula que invirtieron en ZunZuneo estaban asignados públicamente a un proyecto no especificado en Pakistán, según la información pública del gobierno, pero esos documentos no revelan dónde realmente se gastó el dinero.
Los organizadores de ZunZuneo trabajaron duro para crear una red que pareciera un negocio legítimo. Crearon un portal de Internet del mismo nombre, y una campaña de mercadotecnia, de manera que los usuarios pudieran suscribirse y enviar sus propios mensajes de texto a grupos de su elección.
"La publicidad ficticia le da la apariencia de una actividad comerciales", dice un documento de propuesta obtenido por la AP. Tras bambalinas, las computadoras de ZunZuneo también almacenaban y analizaban los mensajes de los suscriptores y otra información demográfica, incluyendo su género, años, "receptividad" y "tendencias políticas".
USAID creía que la información demográfica sobre los disidentes los iba a ayudar dirigir otros programas que tenían en Cuba y a "maximizar nuestras posibilidades de ampliar nuestro alcance".
"Fue algo maravilloso", dijo Ernesto Guerra, un usuario cubano que nunca sospechó que su querida red tenía lazos con Washington. "¿Cómo iba a saberlo? No tenía un letrero que dijera: "Bienvenido a ZunZuneo, un proyecto de la USAID"".
Los ejecutivos crearon una empresa en España y una empresa a cargo de las operaciones en las Islas Caimán un conocido paraíso fiscal británico en el Caribe para pagar las facturas y cuentas de la compañía, de manera que "las transacciones monetarias no indicaran su origen en Estados Unidos", decía un memorando sobre estrategia. Eso hubiera sido catastrófico, concluyeron, porque socavaría la credibilidad del servicio ante los usuarios y provocaría su bloqueo por parte del gobierno cubano.
De manera similar, los mensajes de los suscriptores eran enviados a través de otros dos países, pero nunca a través de servidores en Estados Unidos.
Mobile Accord, una compañía con sede en Denver, consideró contratar a una docena de altos ejecutivos que fueron entrevistados para dirigir la compañía fachada en España. Una de las candidatas, Francoise de Valera, dijo que nunca le dijeron nada sobre Cuba o la participación del gobierno de Estados Unidos.
James Eberhard, director general de Mobile Accord y uno de los participantes clave en el desarrollo del proyecto, declinó hacer comentarios. Por su parte, Creative Associates refirió todas las preguntas a la USAID.
A lo largo de dos años, ZunZuneo llegó a tener por lo menos 40 mil suscriptores. Pero los documentos de su equipo revelan que consiguieron pruebas de que las autoridades cubanas trataron de seguir la pista a los mensajes de texto y de intentos de penetrar el sistema de ZunZuneo. La USAID dijo que ZunZuneo dejó de funcionar en septiembre de 2012, cuando se acabó una donación del gobierno.
ZunZuneo desapareció abruptamente en 2012 y el Partido Comunista cubanos siguen en el poder, sin que una primavera cubana se avizore en el horizonte.
"El momento en que Zunzuneo desapareció, quedó un vacío" dijo Guerra". "La gente me enviaba mensajes, ¿qué sucede con Zunzuneo? Al final, nadie sabe lo que pasó. Nunca supimos de dónde salió".
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